医院开展成本核算的目的，主要是真实完整地反映科室的成本状况，进而为医院成本控制、绩效管理、运营分析提供数据支持。首先医院全成本核算的原始数据均来源于医院的各科室，通过对数据的归集、分类、分摊，产生准确的成本数据，为科室的绩效管理提供可靠的数据支持。其次，科室的绩效管理不能单纯以全成本核算的数据作为考核依据，而应该在医院各科室全成本核算数据的基础上加入业绩评价指标，对医院的各科室进行科学、系统的绩效管理，其目的在于降低医疗成本，为患者提供“优质、高效、低能”的服务。而在科室成本核算的基础上进行绩效管理，是为了激发全体员工的工作责任心和积极性，促使员工参与并了解医院的经济管理和核算的相关知识，这样各科室才能充分体现医护人员承担风险、积极进取的能力和具体落实医院的各项管理制度的能力，只有医护人员相辅相成，相互促进，共同发展，才能全面提升医院的医疗和服务质量，提高医院的社会效益和经济效益等诸多方面。
